دانشگاه سراسری اصفهان در کل کشور به لحاظ تراز علمی رتبه بیست و یکم را دارا می باشد. دانشگاه های استان اصفهان صاحب امتیاز تعدادی از معتبرترین ژورنال های تخصصی و علمی هستند. همچنین تاکنون در این استان به تعداد 313 همایش و کنگره علمی تخصصی برگزار شده است.

برخی از مهم ترین دانشگاه ها و مراکز آموزش عالی در استان اصفهان که انجام پایان نامه در آن ها برای دانشجویان ارشد و دکتری الزامی می باشد از این قبیل هستند: دانشگاه آزاد اسلامی واحد دولت آباد، دانشگاه آزاد اسلامی واحد سمیرم، دانشگاه آزاد اسلامی واحد شاهین شهر، دانشگاه آزاد اسلامی واحد شهرضا، دانشگاه آزاد اسلامی واحد مبارکه، دانشگاه آزاد اسلامی واحد نایین، دانشگاه آزاد اسلامی واحد میمه، دانشگاه آزاد اسلامی واحد هرند، دانشگاه آزاد اسلامی واحد نطنز، دانشگاه پیام نور واحد اصفهان، دانشگاه آزاد اسلامی واحد شهرمجلسی، دانشگاه پیام نور واحد کوهپایه، دانشگاه پیام نور واحد دولت آباد، دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، دانشگاه صنعتی اصفهان، دانشگاه هنر اصفهان، دانشگاه شیخ بهایی اصفهان (موسسه آموزش غیرانتفاعی)، دانشگاه شهید اشرفی اصفهان (موسسه غیرانتفاعی)، موسسه آموزش عالی امین (فولادشهر اصفهان)، موسسه آموزش عالی پیام گلپایگان، موسسه آموزش عالی جامی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان اصفهان، موسسه آموزش عالی دانش پژوهان، موسسه آموزش عالی چهل ستون، موسسه آموزش عالی سپهر، موسسه آموزش علی صفاهان، موسسه آموزش عالی نقش جهان، موسسه آموزش عالی هشت بهشت، موسسه آموزش عالی نور دانش، موسسه آموزش عالی عقیق و…