فصل سوم پایان نامه را در بیشتر مجامع علمی، متودولوژی تحقیق، روش تحقیق و یا مواد و روش ها می نامند. این فصل از پایان نامه همانطور که از نامش پیداست به توضیحات جامع در ارتباط با روش های مورد استفاده در تحلیل پایان نامه و همچنین مصالح مورد استفاده در پایان نامه اختصاص دارد.

در نگارش فصل دوم پایان نامه به کلیات تحقیق و تمامی روش های موجود برای تحلیل ها و متریال قابل استفاده در تحقیق می پردازیم. درحالی که در انجام فصل سوم پایان نامه یکی از روش های ذکر شده در فصل دوم را که در تحقیق استفاده می کنیم به طور مفصل توضیح می دهیم.

در انجام فصل سه پایان نامه با توجه به نوع موضوع(در بخش انتخاب موضوع پایان نامه بدان پرداخته ایم) پایان نامه موارد متعددی را ارائه می دهیم. درصورتی که پایان نامه تحلیلی-آماری باشد، به ارائه روش تحلیل، فرضیه های اساسی اخذ شده، جامعه آماری و آنالیزهای صورت گرفته بر روی آن می پردازیم.

درصورت عددی بودن موضوع پایان نامه، به مسائلی همچون نرم افزار مورد استفاده، روش مدل سازی، پارامترهای مدل، هندسه مدل و مهمتر از همه صحت سنجی نرم افزار و مدل پرداخته می شود. صحت سنجی پایان نامه مهمترین بخش آن می باشد که دانشجویان باید بر اساس مقاله بیس خود این بخش را انجام دهند.(در بخش های بعد به طور مفصل در ارتباط با صحت سنجی توضیح می دهیم)

انجام فصل سه پایان نامه برای موضوعات آزمایشگاهی، شامل موارد مورد استفاده، آزمایشات انجام شده به همراه روش آزمایش و طرح آزمایشات ارائه می گردد. بسیاری از دانشجویان نتایج به دست آمده از آزمایش، تحلیل و مدل سازی را نیز در فصل سوم پایان نامه ارائه می دهند که این امر با مشورت و نظر استاد راهنمای دانشجو صورت می گیرد.